lunes, 11 de junio de 2012


10.1 METODOS DE PURIFICACION Y ANALISIS DE LOS ACIDOS NUCLEICOS.

Se puede extraer ADN de casi cualquier tejido humano. Las posibles fuentes de ADN en la escena de un delito incluyen sangre, semen, tejido de una víctima muerta, células del folículo capilar y saliva. El ADN extraído de las pruebas del delito ("indicios" o "vestigios" biológicos) se compara con el extraído de muestras de referencia, obtenidas de personas conocidas, habitualmente de la sangre.

El ADN en solución es una mezcla de ADN mitocondrial, nuclear eucariota y viral/bacteriano si estuvieran presentes en la muestra virus/bacterias.
El sistema de valoración de la concentración de ADN será función de cuales han sido los tratamientos y, por tanto, del grado de pureza del ADN obtenido. Pueden emplearse desde métodos altamente sensibles y exactos como la espectrofotometría y fluorometría, hasta métodos aproximativos, tales como la comparación del grado de fluorescencia respecto a un control de concentración conocida.

Una vez conocida la concentración del ADN, éste será utilizado básicamente con el propósito de amplificar determinadas secuencias del mismo mediante PCR.



Los pasos necesarios para una correcta extracción y purificación del ADN mediante un procedimiento químico son:

v  Lisis de las células o virus. Las sales caotrópicas ayudan a romper la estructura tridimensional de macromoléculas como las proteínas o los ácidos nucleicos consiguiendo su desnaturalización. La adición de un detergente como el SOS es necesaria a menudo para eliminar las membranas.
v  Degradación de la fracción proteica asociada al ADN. Se consigue mediante la adición de una proteasa. La fracción proteica puede precipitarse mejor con la ayuda de sales como el acetato de amonio o el acetato sódico.
v  Purificación. Consta de 3 fases: Precipitación del ADN. El ADN es insoluble en alcohol, por lo que se puede precipitar etanol frío o isopropanol i recuperar mediante una centrifugación. El alcohol del sobrenadante se llevará las sales añadidas previamente.

Bibliografía:

www.microbial-systems.com/web/docs/Newsletter_Microbial_03.pdf
http://genmolecular.wordpress.com/tecnicas-de-biologia-molecular/





10.2 TÉCNICAS DE HIBRIDACIÓN
         LA HIBRIDACION
·         Es un proceso de unión de dos hebras complementarias de ácidos nucleicos pero cuyo origen es distinto. Una de ellas será el ácido nucleico diana y la otra será la sonda empleada para localizar ese ácido nucleico diana.

                           TECNICAS:

HIBRIDACIÓN IN SITU CON FILTRO: Este método tampoco precisa de extracción de ADN y analiza muestras obtenidas por raspado o con torunda o cepillo. Las células se aplican directamente sobre un filtro el cual se trata con sustancias alcalinas para la lisis celular y la desnaturalización del ADN.
HIBRIDACIÓN SOUTHERN BLOT: Necesita de la extracción del ADN de la muestra con fenol/cloroformo y de la eliminación de ARN y proteinas de la misma por digestión enzimática. Con la aplicación de endonucleasas de restricción-la enzima Pst I es la mas utilizada, pues corta los genomas de HPVs en fragmentos de diferentes tamaños ofreciendo un patrón característico en el gel de agarosa-el ADN se rompe, realizándose una separación electroforética de los fragmentos en gel de agarosa los cuales pueden ser visualizados con bromuro de etidio


NORTHERN: El segundo método, tipo [[Northern blot] o northern blot, se utiliza para identificar las cadenas de ARN de secuencia semejante al ADN que se usa como sonda; a diferencia del tipo Southern que se utiliza para identificar ADN, el método northern sirve para identificar ARN.
El ARN se extrae y se fracciona en tamaños variables mediante una electroforesis en gel de poliacrilamida en unas condiciones que mantenga las cadenas de ARN en estado desnaturalizado. El proceso continúa de forma semejante a la hibridación de tipo Southern. El método del northern se utiliza muy frecuentemente para realizar estudios de expresión génica; para conocer qué genes están activos formando ARN mensajero en qué condiciones, en qué tejidos o tipos celulares.
PCR: La PCR, o Reacción en Cadena de la Polimerasa, utiliza un paso de hibridación de oligonucleótidos para completar el proceso. Entre el paso de desnaturalización de las hebras del ADN y antes del paso de extensión del cebador hay un paso de unión de los cebadores a la hebra de secuencia complementaria mediante una hibridación de ADN. Es el paso de menor temperatura de la PCR y el que marca la especificidad de la reacción.

Bibliografía:
http://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Hibridación


viernes, 8 de junio de 2012

UNIDAD: 10


INSTITUTO TECNOLOGICO DE CIUDAD ALTAMIRANO.



                                      UNIDAD: 10

                   TÉCNICAS DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR

MATERIA: BIOLOGIA MOLECULAR.

           
ALUMNO: PEDRO AVILÉS FRANCISCO.
           PROF
: FRANCISCO JAVIER PUCHE ACOSTA.

                                        
LIC: BIOLOGIA.
                                         
SEMESTRE: VI.





INTRODUCCIÓN:

Desde la década de 1950 y 1960, los biólogos moleculares han aprendido a caracterizar, aislar y manipular los componentes moleculares de las células y organismos. Estos componentes incluyen el ADN, el repositorio de información genética; ARN, un pariente cercano de ADN cuyas funciones abarcan desde que actúa como una copia de trabajo temporal de ADN a reales funciones estructurales y enzimáticas, así como una parte funcional y estructural del aparato traslación; y proteínas, el tipo de molécula en las células estructural y enzimática principal.

Una de las más elementales técnicas de biología molecular para estudiar la función de las proteínas es expresión de clonación. En esta técnica, ADN de codificación para una proteína de interés se clona (mediante PCR y enzimas de restricción) en un plásmido (conocido como un vector de expresión). Este plásmido puede tener elementos de promotor especial a la producción de la unidad de la proteína de interés y también puede tener marcadores de resistencia a los antibióticos para ayudar a seguir el plásmido.

Este plásmido puede insertarse en células bacterianas o animales. El ADN en las células bacterianas puede realizarse por transformación (a través de la captación de ADN desnudo), conjugación (a través de contacto de la célula-célula) o por transducción (mediante vectores virales). Introducir ADN en células eucariotas, tales como las células animales, por medios físicos o químicos se llama transfección. Varias técnicas de transfección diferentes están disponibles, tales como fosfato de calcio transfección, electroporación, Microinyección y transfección liposoma. ADN también puede introducirse en las células eucariotas con virus o bacterias como portadores, este último a veces se llama bactofection y en particular utiliza Agrobacterium tumefaciens. El plásmido puede integrarse en el genoma, resultando en una transfección estable, o puede permanecer independiente del genoma, llamado transfección transitoria.

En cualquier caso, ADN codifica una proteína de interés es ahora dentro de una celda, y ahora puede expresarse la proteína. Una variedad de sistemas, tales como promotores inducibles y los factores específicos de señalización celular, están disponibles para ayudar a expresar la proteína de interés en niveles altos. Grandes cantidades de una proteína, a continuación, pueden ser extraídas de la célula eucariota o bacteriana. La proteína puede probarse para actividad enzimática bajo una variedad de situaciones, la proteína puede ser cristalizada así su estructura terciaria puede ser estudiado, o en la industria farmacéutica, la actividad de nuevos medicamentos contra la proteína puede ser estudiada.




miércoles, 6 de junio de 2012

UNIDAD: 9 TAREA

LAS BACTERIAS DE DIFERENTES ESPECIES PUEDEN COMPARTIR PLÁSMIDOS.
Si, por que las bacterias pueden tomar los plásmidos que han sido liberados mediante la destrucción de otras bacterias, y así adquieren plásmidos del ADN de diferentes especies.
Los plásmidos son pequeñas secuencias de ADN con la capacidad de auto replicarse. Los plásmidos también cargan información relevante, por ejemplo: genes de virulencia, genes de resistencia a antibióticos, genes que codifican enzimas para degradar moléculas complejas. Y por si fuera poco, los plásmidos pueden introducirse en cualquier bacteria, sin importar la especie de la cual proceden. Científicos han descubierto que la parte de ácido desoxirribonucleico (ADN) bacteriano que normalmente porta la resistencia a antibióticos posee la capacidad de transmitirse entre distintos tipos de bacteria y adaptarse a especies bacterianas muy distintas. Pueden aumentar la posibilidad de que se produzca una propagación de genes. Cuando la bacteria muere libera los plásmidos en el ambiente, donde pueden ser capturados por bacterias de la misma o de otra especie.  

BIBLIOGRAFIA:
laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/plasmidos.html
Fuente: http://cordis.europa.eu/fetch?


UNIDAD: 8 TAREA

¿CÓMO SE REALIZA EL CONTROL GENÉTICO DEL GEN BRCA?
El gen BRCA 1 es un gen grande que contiene 22 exones distribuidos principalmente 100 kb de DNA genómico.
Este produce una proteína de 1863 aminoácidos.
La mayoría de las mutaciones que se han identificado en el gen BRCA 1 son mutaciones de marco de lectura, mutaciones terminadoras o mutaciones del sito empalme.
Estas mutaciones conducen presumiblemente al truncamiento prematuro de la proteína del BRCA 1.
Se han informado más de 800 mutaciones distintas al gen BRCA 1, polimorfismo y variantes, de las cuales 500 se han comunicado con una sola vez. Con respeto al gen BRCA 2 se han informado alrededor de 900 mutaciones diferentes, polimorfismo y variantes y alrededor de 600 son exclusivas alrededor de una sola familia.
Los métodos utilizados para detectar mutaciones, entre ellas las secuencias del DNA no pudieron revelar duplicaciones grandes, deleciones y reensanblajes que justificaran  cerca de 10 % de las mutaciones, pero se están mejorando las pruebas para identificar estos tipos de mutaciones.

En 1990, estudios de vínculos de ADN en familias grandes con las características anteriores identificaron el primer gen asociado con el cáncer del seno. Los científicos denominaron a este gen “cáncer del seno 1” (del inglés “breast cancer 1”) o BRCA 1 (que se pronuncia brak-uh). El gen BRCA 1 se localiza en el cromosoma 17. Las mutaciones en el gen se transmiten en una familia con un patrón autosómico dominante.
Ya que había quedado claro que no todas las familias con cáncer del seno estaban vinculadas al gen BRCA1, se continuaron los estudios y, en 1994, los científicos descubrieron otro gen (similar al BRCA1) al que denominaron BRCA2. El gen BRCA 2 se localiza en el cromosoma 13. Las mutaciones en el gen se transmiten en una familia también con un patrón autosómico dominante.

Tanto el BRCA1 como el BRCA2 son genes supresores tumorales que comúnmente tienen la función de controlar el crecimiento celular y la muerte celular. Todos tenemos dos genes BRCA1 (uno en cada cromosoma número 17) y dos genes BRCA2 (uno en cada cromosoma número13). Cuando una persona tiene una copia alterada o mutada del gen BRCA1 o BRCA2, aumenta su riesgo de sufrir los diversos tipos de cánceres:

mutación del gen BRCA1
·      del 50 por ciento al 85 por ciento de riesgo de por vida de cáncer del seno
·      del 40 al 60 por ciento de riesgo de por vida de un segundo cáncer del seno (no es reaparición del primer tumor)
·      del 20 al 60 por ciento de riesgo de por vida de cáncer de ovario
·      mayor riesgo de otros tipos de cánceres, como cáncer de próstata
mutación del gen BRCA2
·      del 59 por ciento al 82 por ciento de riesgo de por vida de cáncer del seno (en las mujeres)
·      seis por ciento de riesgo de por vida de cáncer del seno (en los hombres)
·      hasta un 27 por ciento de riesgo de por vida de cáncer de ovario
·      mayor riesgo de otros tipos de cánceres, como cáncer de páncreas, de próstata, de laringe, de estómago y melanoma

Bibliografía:
books.google.com.mx
www.cirugest.com/htm/revisiones/cir09-06/09-06-17.htm

martes, 5 de junio de 2012



INSTITUTO TECNOLOGICO DE CIUDAD ALTAMIRANO.

                                 UNIDAD: 9
“TRANSFERENCIA DEL MATERIAL GENETICO”


MATERIA: BIOLOGIA MOLECULAR.

ALUMNO: PEDRO AVILÉS FRANCISCO.
PROF: FRANCISCO JAVIER PUCHE ACOSTA.

LIC: BIOLOGIA.
SEMESTRE: VI.





                                           UNIDAD 9
                      TRANSFERENCIA DEL MATERIAL GENÉTICO.

INTRODUCCIÓN:
Son seres generalmente unicelulares que pertenecen al grupo de los protistos inferiores.
Tienen una estructura menos compleja que la de las células de los organismos superiores: son células procariotas (su núcleo está formado por un único cromosoma y carecen de membrana nuclear). Las bacterias juegan un papel fundamental en la naturaleza y en el hombre: la presencia de una flora bacteriana normal es indispensable, aunque gérmenes son patógenos.
Permiten desarrollar importantes progresos en la investigación, concretamente en fisiología celular y en genética. El examen microscópico de las bacterias no permite identificarlas, ya que existen pocos tipos morfológicos, cocos (esféricos), bacilos (bastón), espirilos (espiras) y es necesario por lo tanto recurrir a técnicas que se detallarán más adelante.
MORFOLOGÍA Y ESTRUCTURA: Las bacterias son microorganismos procariotas de organización muy sencilla. La célula bacteriana consta:
CITOPLASMA: Presenta un aspecto viscoso, y en su zona central aparece un nucleoide que contiene la mayor parte del ADN bacteriano, y en algunas bacterias aparecen fragmentos circulares de ADN con información genética , dispersos por el citoplasma: son los plásmidos.
Pared celular es rígida y con moléculas exclusivas de bacterias.
REPRODUCCIÓN:
Generalmente las bacterias se reproducen por bipartición.
Las bacterias se reproducen asexualmente por fisión binaria o bipartición, unas pocas por gemación, algunas especies de bacterias filamentosas se reproducen por esporas que se forman en los extremos de los filamentos.
Durante la bipartición la célula bacteriana origina dos células iguales o clones. Este mecanismo de división celular es más rápido y menos organizado que la mitosis y la meiosis. El resultado de la fisión binaria son dos células hijas por cada célula madre, así, una célula se divide en dos, dos en cuatro y cuatro en ocho y así sucesivamente.

 Bibliografía:
www.profesorenlinea.cl/Ciencias/Bacteria.htm


                9.1 MECANISMOS DE TRANSFERENCIA NATURAL:
9.1.1 TRANSFORMACIÓN.
La transformación en genética se refiere a la alteración genética de una célula que resulta de la introducción y expresión de material genético externo (DNA). En bacterias, la transformación se refiere en el intercambio genético producido cuando una bacteria es capaz de captar fragmentos de ADN, de otra bacteria que se encuentran dispersos en el medio donde vive.



                                                     9.1.2 CONJUGACIÓN.
En este proceso, una bacteria donadora F+ transmite a través de un puente o pili, un fragmento de ADN, a otra bacteria receptora F-. La bacteria que se llama F+ posee un plásmido, además del cromosoma bacteriano.
En la conjugaciónon, el intercambio de material genético necesita de un contacto entre la bacteria dadora y la bacteria receptora. La cualidad de dador está unida a un factor de fertilidad (F) que puede ser perdido. La transferencia cromosómica se realiza generalmente con baja frecuencia. No obstante, en las poblaciones F+, existen mutantes capaces de transferir los genes cromosómicos a muy alta frecuencia.


Bibliografía:

es.wikipedia.org/wiki Microinyección, /Electroporación


                                    
                                                        9.1.3 TRANSDUCCIÓN


TRANSDUCCIÓN

La transducción es la transferencia de genes de una bacteria a otra por medio de un virus. La incorporación de genes bacterianos al interior de la cápside de un fago se produce a consecuencia de errores cometidos durante el ciclo duplicativo del virus. Cuando el virus que contiene estos genes infecta a una nueva bacteria, éste tiene la capacidad de transferirlos al cromosoma de ésta. La transducción es el mecanismo más frecuente de intercambio y recombinación genética en las bacterias. Hay dos tipos diferentes de transducción: la generalizada y la especializada.
Se puede definir la Transduccion como la trasferencia de ADN de célula donadora a otra receptora mediatizado por partículas de bacteriófagos que contienen ADN genómico de la primera. En la transducción podemos distinguir dos estapas diferenciadas:
1.      Formación de la partícula fágica transductora: un trozo de material genético de la célula donadora se introduce en el interior de la cabeza de la cápsida de un fago. Las partículas transductoras son en cierta manera “subproductos” anómalos del ciclo normal del fago.
2.      La partícula transductora inyecta de forma habitual el ADN que porta a la célula receptora, donde este ADN puede eventualmente recombinarse y expresar su información.
9.1.4 Recombinación.
Recombinación
 
La recombinación en virus se descubrió por Delbrück, Bailey y Hershey en 1946. Este hallazgo fue posible a la existencia de variabilidad originada por mutación en caracteres de los virus fácilmente observables en los medios de cultivo. Dentro de este tipo de mutaciones están los caracteres de placa, el rango de hospedador, la sensibilidad a la temperatura. Entre los caracteres de placa que se pueden analizar están la morfología de las calvas o halos de lisis que producen los virus al matar a las bacterias de cultivo en césped.


El primer estudio completo de la recombinación en virus se llevó a cabo por Hershey y Rotman (1949) en el virus T2 analizando virus normales y dobles mutantes. Pare ello utilizaron el sistema de infección mixta en condiciones del alta multiplicidad, consistente en asegurarse de que cada bacteria del medio del cultivo es infectada simultáneamente por los dos tipos de virus, el normal y el doble mutante. Pare ello, se suele realizar la infección de forma que haya cinco veces más de cada uno de los dos tipos de virus que de bacterias. Además, las mutaciones que analizaron en el fago T2 fueron las siguientes:

1.- Mutantes de lisis rápida (r-) que producen calvas o halos lisis grandes y de bordes nítidos, mientras que los virus T2 normales (r+) dan lugar a calvas pequeñas y de bordes difusos.

2.- Mutantes (h-) con un distinto rango de hospedador que son capaces de lisar tanto a la cepa B como a la cepa B/2 de E. coli. Los fagos T2 normales solamente lisan o matan a la cepa B de E. coli.
9.1.5 Transfección.

La transfección consiste en la introducción de material genético externo en células eucariotas  mediante plasmidos, vectores víricos (en este caso también se habla de transduccion) u otras herramientas para la transferencia. El término transfección para métodos no virales se usa en referencia a células de mamífero, mientras que el término transformacion se prefiere para describir las transferencias no virales de material genético en bacterias y células eucariotas no animales como hongos, algas o plantas.


La transfección de células animales generalmente se lleva a cabo abriendo poros o "agujeros" transitorios en la membrana plasmática de las células mediante electroporación, para permitir el paso del material genético (como construcciones de DNA superenrollado en RNA) aunque pueden ser transfectadas incluso proteínas (como anticuerpos, por ejemplo). Además de la electroporación, se pueden utilizar otras técnicas para efectuar la transfección, como por ejemplo liposomas producidos mediante la mezcla de lípidos catiónicos con el material genético, que se fusionarán con la membrana plasmática celular y depositarán su carga adentro.

Bibliografía:
es.wikipedia.org/wiki/Transfección

9.2 MECANISMOS DE TRANSFERENCIA ARTIFICIAL:


                                                      9.2.1 FÍSICOS
Los métodos físicos utilizan técnicas como la microinyección con una fina aguja de cristal y la electroporación (exposición de las células aun choque eléctrico).
Ø  MICROINYECCIÓN DIRECTA:
Es una técnica muy efectiva aunque laboriosa. Es el método que se emplea en la introducción del DNA recombinante en las células embrionarias en el proceso de obtención de animales transgénicos.

Ø  ELECTROPORACIÓN:
Una vez introducida la molécula de DNA recombinante en el interior de las células producirá su efecto permitiendo, seleccionar células que hayan incorporado el DNA. Este sería el caso del aislamiento de clones celulares que presentaran expresión de un determinado producto.


                                                                 9.2.2 Químicos
Los vectores sintéticos (han tenido una alta eficacia in vitro, pero una baja in vivo) son de producción sencilla, altamente estables, y se pueden conseguir grandes construcciones.
Método del fosfato cálcico. Basado en la obtención de un precipitado entre el cloruro de calcio y el DNA en una solución salina de fosfatos.
Método del DEAE dextrano. Basado en la obtención de complejos entre la resina DEAE y el DNA. Los polímeros de DEAE dextrano o polybreno tienen una carga que les permite unirse a las muy negativamente cargadas moléculas de DNA.
Método DNA desnudo. El DNA desnudo (técnica en fase altamente experiemtal) es incapaz de entrar en una célula y aún consiguiendo entrar en ellas es rápidamente degradado.
Método Péptidos fusiogénicos Los  péptidos fusiogénicos surgen en una linea de trabajo que nos permita paliar aquellas características del DNA desnudo que nos impiden la entrada.
Método  de Liposomas . los liposomas estan formados por DNA y lipidos no inmunogénicos cargados positivamente (lípidos cationicos).


                                                          CONCLUSIÓN:
Llegamos a la conclusión que se realizo la unidad número 9, transferencia del material genético con el objetivo de cumplir y comprender bien los temas por lo cual el estudiante entenderá las bases moleculares del intercambio del material genético entre  los diferentes seres vivos.
Podemos encontrar dos tipos de transferencia natural y artificial, lo cual nos dice que la natural    hay cinco procesos comoson: Transformación, Conjugación,   Transducción,   Recombinación, Transfeccion y en la artificial solo son dos procesos.